Jack Skellington Background

Minggu, 20 November 2011

Chempup

Chempup adalah sebuah applet dari beberapa software kimia yang bisa digunakan secara gratis. Untuk menggunakannya kita tidak perlu menginstall Linux itu ke komputer kita, cukup run cd live saja dengan memasukkan CD Chempup itu dengan menyeting booting pertama dari CD drive atau Usb drive dari bios komputer kita.



Software-software kimia yang terbundel dalam chempup itu sesungguhnya bisa saja kita tambahkan ke dalam sistem operasi linux lainnya, dan beberapa juga bisa dipasang (di-install) pada sistem operasi windows. Artinya saya tidak melihat kelebihan yang luar biasa pada Chempup itu. Apalagi kalau kita (di Indonesia)  belum terbiasa dengan linux karena microsoft minded, maka Chempup bukan hal yang user friendly. Tapi itu hanya sekedar pembiasaan saja. Untuk digunakan dalam pembelajaran di kelas Chempup masih kalah mudah dibandingkan kita menggunakan software kimia yang terinstall pada OS yang kebanyakan orang pakai.


Dari segi jumlah software yang tersedia jumlahnya juga belum begitu banyak. Bahkan ada aplikasi yang belum siap gunakan dalam edisi kali ini, tapi sudah terpampang ada seperti BK Chem. Menurut penilaian saya Chempup ini sangat cocok jika kelak di Indonesia dilakukan pengetatan penggunaan OS yang harus berlicensi mahal. Itu akan memaksa orang untuk mau menggunakan Chempup sebagai alternatif untuk penggunaan aplikasi kimia yang gratis. Ingat itu adalah alternatif, sebab aplikasi yang dibendal dalam Chempup bisa kita pasang pada OS linux lainnya.

Beberapa software yang terbundel tersebut antara lain:
  • GElement – Tabel periodik dengan banyak informasi pada setiap unsur yang disajikan
  • ChemCalc – link utility web berbasis java utility yang dapat digunakan untuk kepentingan perhitungan berat formula (Mr), analisis CHN, dan distribusi isotop.
  • Nomen – sebuah program untuk membuat struktur 2D dari nama zat kimia kita berikan
  • JChemPaint ­ Pembuat struktur kimia 2D yang berbasis java
  • BKChem – editor struktur zat kimia 2D yang diperluas (baru akan tersedia!)
  • JMol – Penampil (viewer) molekul secara 3D.
  • Avogadro – Pembuat melekular 3D yang powerfull, dengan optimasi medan-gaya dan simulasi dinamika molekular
  • ChemTool – Sebuah file spreadsheet yang dibuat secara khusus untuk kalkulator pengkonversi mol dan massa zat
  • Gnotebook – Sebuah file spreadsheet yang dapat digunakan untuk aktivitas laboratorium.
Apapun kelebihan dan kekurangan kita sebagai pengguna tentu senang karena semakin banyak alternatif untuk kita manfaatkan pada proses pembelajaran kimia di kelas atau aktivitas yang mendukung pembelajaran itu sendiri. Berikut adalah beberapa screeashoot yang saya ambil ketika menggunakan chempup.





Cara mendapatkan software ini cukup mudah, kita dapat mengakses situs resmi dari chempup di alamat ini : Chemtoolbox
Adapun tampilan pada situs tersebut kurang lebih seperti ini, 


Sebelum mendownload software tersebut kita harus melakukan registrasi terlebih dahulu, 


Setelah registrasi berhasil barulah kita masuk pada menu Chempup dan dapat mendownload software tersebut dengan langkah-langkah yang cukup mudah. 



Dalam software Chempup ini terdapat beberapa aplikasi yang berhubungan dengan ilmu kimia, dan dapat dipelajari dalam kimia komputasi. Berikut ini beberapa tampilan masing-masing aplikasi tersebut : 

  • GElement (Complete Table Periodic)


  • JChemPaint - 2D Structure Editing


  • JMol - 3D Structure Viewing and Minimizing

  • Avogadro - 3D Chemical Builder and Minimizer with many Templates


  • OpenOffice3.0 - Office Productivity Suite (compatible with MS Office)


  • Extras (standard with Puppy Linux 4.2.1)


Sumber : Urip's BlogChemPup 

Sabtu, 19 November 2011

Aplikasi Linux Live USB


Linux Live USB adalah USB Driver/Flashdisk yang berisikan sistem operasi GNU/Linux yang bisa diboot. Live usb sama dengan Live CD, yang berbeda hanyalah dari segi media. Live Usb  menggunakan Flashdisk sebagai medianya dan Live CD menggunakan CD sebagai medianya. Live USB biasanya digunakan untuk beberapa keperluan berikut:
  • Sebagai embeded system untuk sistem administrasi. (Embedded aystem artinya sistem komputer yang dirancang khusus untuk tujuan tertentu demi meningkatkan fungsi suatu mesin) 
  • Digunakan untuk recovery data (backup data) dari system yang crash atau dalam hardisk yang sudah memiliki banyak bad sector tapi masih bisa dibaca. 
  • Untuk pengujian/testing sebuah sistem operasi dimana sistem operasi tersebut bisa dialankan tanpa arus diintal secara permanen pada hardisk.
  • Untuk keperluan belajar. Biasanya digunakan oleh user yang baru mulai ingin belajar GNU/Linux dan ingin migrasi ke GNU/Linux.
Aplikasi untuk membuat Live USB sebenarnya ada banyak. Seperti yang di list di wikipedia, setidaknya ada puluhan aplikasi untuk membuat Linux Live USB. 
LiveUSB Install adalah Aplikasi untuk membuat live usb yang juga cross platform seperti Unetbootin. Support hingga ratusan distro GNU/Linux. Untuk mendapatkan aplikasi ini cukup mudah, karena aplikasi ini disebar bebas dan tidak berbayar. Kita dapat mendownload aplikasi ini di LinuxLive USB CreatorLive USB Install dan website-website lainnya yang menyediakan aplikasi tersebut. 

Salah satu kelebihan Ubuntu dan distro-distro lainnya adalah kita bisa "mencobanya" tanpa harus menginstallnya di komputer kita. Sistem ini biasanya disebut dengan sistem Live, LiveCD (lewat CD) atau LiveUSB (bagi yang lewat USB). Apa untungnya? Ya sangat untung, bayangkan, kita bisa mencoba sebuah sistem operasi tanpa perlu repot-repot menginstall. Kita bisa menggunakannya di komputer manapun yang kita inginkan (yang kompatibel tentunya). Dan yang lebih keren, kita bisa mengakses file-file di komputer tersebut. Hebat bukan?
Untuk bisa mencoba ubuntu lewat CD atau Flashdisk, kita harus mempunyai CD Linux atau kita harus membuat Flashdisk kita bootable Linux. Caranya? Nah, kali ini saya ingin share tentang sebuah program yang bisa membantu teman-teman membuat Flashdisknya bisa bootable Linux. Nama program ini adalah LiLi, singkatan dari Linux Live USB Creator. Langsung saja ikuti tutorial berikut ini..

Apa saja yang perlu disiapkan?
  1. Flashdisk tentunya, dengan kapasitas minimal 1GB. Pindahkan dulu data-data di flashdisk ini, karenan nanti kita akan memformatnya.
  2. Program Lili USB yang telah di download sebelumnya.
  3. File ISO distro Linux. Di sini saya contohkan adalah Ubuntu. Teman-teman bisa mendownloadnya di sini. Pilih lokasi server yang paling dekat dengan kota teman-teman, agar proses download lebih cepat.
Langkah-langkah membuat flashdisk bootable Ubuntu : 
  • Install aplikasi Linux Live USB Creator.exe yang telah didownload.
  •  Setelah aplikasi terinstall, buka program Linux Live. 

  • Pilih drive flashdisk yang ingin digunakan sebagai media penyimpanan. Jangan sampai salah. 
  • Pilih icon ISO/IMG/ZIP. Kemudian tentukan file ISO Ubuntu hasil download-an teman-teman. Lili akan memeriksa file ISO tersebut dan menampilkan pesan sukses apabila tidak ada kesalahan.


  • Beri tanda centang "Hide created files on key" dan "Format the key in FAT32". Hilangkan tanda centang pada pilihan terakhir "Enable Launching LinuxLive in Windows"
  • Klik pada gambar petir untuk memulai proses.
 
  • Tunggu hingga selesai, akan muncul tulisan " Your LinuxLive key is now up and ready"





Kimia Komputasi??

Pertama kali mendengar kalimat ini "Kimia Komputasi" adalah saat kuliah umum dengan pembicara Prof. Unang Supratman salah satu dosen Fakultas MIPA Universitas Padjadjaran, Bandung. Kimia yang sebelumnya ada dipikiran saya hanya mereaksikan, laboratorium, dan zat-zat yang berbahaya seketika berubah. dengan kimia komputasi seorang kimiawan tidak harus selalu berkutat di laboratorium. Banyak dipaparkan oleh Prof. Unang tentang sistem komputerisasi pada kimia, dari sinilah saya mulai tertarik dengan "Kimia Komputasi". Dan beruntungnya di semester 3 ini, saya dapat mengambil matakuliah pilihan kimia komputasi dengan pembimbing Bapak Adi Riyadhi M, Si. 
Sebelumnya, apa sih kimia komputasi itu? seberapa besar manfaatnya?

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur (yaitu letak atom-atom penyusunnya), energi dan selisih energi, muatan, momen dipol, kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul. Istilah kimia komputasi kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.

Istilah kimia teori dapat didefinisikan sebagai deskripsi matematika untuk kimia, sedangkan kimia komputasi biasanya digunakan ketika metode matematika dikembangkan dengan cukup baik untuk dapat digunakan dalam program komputer. Perlu dicatat bahwa kata "tepat" atau "sempurna" tidak muncul di sini, karena sedikit sekali aspek kimia yang dapat dihitung secara tepat. Hampir semua aspek kimia dapat digambarkan dalam skema komputasi kualitatif atau kuantitatif hampiran.
Molekul terdiri atas inti dan elektron, sehingga diperlukan metode mekanika kuantum. Kimiawan komputasi sering berusaha memecahkan persamaan Schrödinger non-relativistik, dengan penambahan koreksi relativistik, walaupun beberapa perkembangan telah dilakukan untuk memecahkan persamaan Schrödinger yang sepenuhnya relativistik. Pada prinsipnya persamaan Schrödinger mungkin diselesaikan, baik dalam bentuk bergantung-waktu atau tak-bergantung-waktu, disesuaikan dengan masalah yang dikaji, tetapi pada praktiknya tidak mungkin kecuali untuk sistem yang amat kecil. Karena itu, sejumlah besar metode hampiran dikembangkan untuk mencapai kompromi terbaik antara ketepatan perhitungan dan biaya komputasi.
Dalam kimia teori, kimiawan dan fisikawan secara bersama mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul, dan/atau lintasan reaksi untuk reaksi kimia, serta simulasi sistem makroskopis. Kimiawan komputasi kebanyakan “sekedar” menggunakan program komputer dan metodologi yang ada dan menerapkannya untuk permasalahan kimia tertentu. Di antara sebagian besar waktu yang digunakan untuk hal tersebut, kimiawan komputasi juga dapat terlibat dalam pengembangan algoritma baru, maupun pemilihan teori kimia yang sesuai, agar diperoleh proses komputasi yang paling efisien dan akurat.
Terdapat beberapa pendekatan yang dapat dilakukan:
  1. Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium.
  2. Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium.
  3. Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.
Terdapat beberapa bidang utama dalam topik ini, antara lain:
  • Penyajian komputasi atom dan molekul
  • Pendekatan dalam penyimpanan dan pencarian spesi kimia (Basicdata Kimia)
  • Pendekatan dalam penentuan pola dan hubungan antara struktur kimia dan sifat-sifatnya (QSPR, QSAR).
  • Elusidasi struktur secara teoretis berdasarkan pada simulasi gaya-gaya
  • Pendekatan komputasi untuk membantu sintesis senyawa yang efisien
  • Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi lewat cara-cara yang khusus, khususnya dalam perancangan obat.
  • Simulasi proses transisi fasa
  • Simulasi sifat-sifat bahan seperti polimer, logam, dan kristal (termasuk kristal cair).
Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada berbagai metode kimia-kuantum yang memecahkan persamaan Schrödinger untuk molekul, maupun pendekatan fisika klasik (mekanika molekul) untuk simulasi sistem yang besar. Metode kimia-kuantum yang tidak mencakup parameter empiris dan semi-empiris dalam persamaannya disebut metode ab-intio. Jenis-jenis metode ab-initio yang populer adalah: Hartree-Fock, teori gangguan Moller-Plesset, interaksi konfigurasi, couple cluster, matriks kerapatan tereduksi, dan teori fungsi kerapatan. 

Dalam kimia komputasi kita dapat mempelajari, sifat-sifat molekul, seperti energi, struktur, momen dipol, keterpolaran, atau hyperpolarizability merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan. Dalam komputasi molekul, terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul, yaitu mekanika molekul, teori fungsi kerapatan atau teori struktur elektron.

Sejumlah paket perangkat lunak menyediakan berbagai metode kimia-kuantum. Di antara yang luas digunakan adalah:
  • Gaussian
  • Gamess
  • Q-Chem
  • ACES
  • Dalton
  • Spartan
  • Psi
  • PLATO (Package for Linear Combination of Atomic Orbitals)
  • MOLCAS
  • MOLPRO
  • MPQC
  • NWChem
  • Psi3
  • PC GAMESS
  • Spartan
  • TURBOMOLE
Adapun software-software yang kami gunakan dalam pembelajaran akan saya share pada postingan selanjutnya. Terima kasih :)


Sumber : Wikipedia

Datangnya Penghuni Baru Pada Tabel Periodik


Pelajaran kimia unsur mungkin akan bertambah rumit. Tiga elemen baru kini telah ditambahkan di Table Periodik Unsur. Majelis Umum International Union of Pure and Applied Physics (IUPAP) telah menyetujui nama-nama untuk ketiga unsur itu.
Ketiga unsur memiliki nomor 110, 111 dan 112, masing-masing bernama Darmstadtium (Ds), Roentgenium (Rg) dan Copernicium (Cn). Majelis umum yang beranggotakan 60 orang menyetujui penamaan dalam rapat di Institute of Physics (IOP), London, Sabtu (5/11/2011) lalu.
Dr Robert Kirby-Harris, kepala IOP dan Sekretaris Jenderal IUPAP, seperti dikutip Daily Mail Sabtu lalu mengatakan, penamaan unsur ini telah mendapat persetujuan dalam konsultasi dengan fisikawan dari seluruh dunia dan kami senang melihat mereka diperkenalkan di table Periodik unsur.
Livescience dalam publikasinya Sabtu lalu menyatakan bahwa ketiga unsur baru itu disebut elemen "superberat" atau transuranium. Mereka hanya ada di laboratorium, tak ada di alam, cepat sekali luruh menjadi elemen lain dan sulit dipelajari. Tak banyak yang diketahui tentang elemen itu.
Meski baru ditambahkan ke Tabel Periodik Unsur, ketiga unsur itu sebenarnya telah lama ditemukan. Hanya saja, penamaan tak langsung dilakukan sebab harus sesuai persetujuan organisasi ilmuwan.
Secara umum, unsur dinamai sesuai penemunya, tempat ditemukan atau nama kehormatan. Copernicium misalnya, diciptakan 9 Februari 1996 dengan nama ununbium. Nama tidak berubah sampai tahun 2009 saat eksistensi unsur itu berhasil dibuktikan. Nama Copernicus lalu diambil untuk menghormati Copernicus, ilmuwan pertama yang menyatakan bahwa Bumi mengelilingi Matahari.
Sementara Roentgenium ditemukan 8 Desember 1994 dengan nama asli unununium. Nama Roentgenium lalu dipakai sebagai penghormatan atas jasa Wilhelm Conrad Roentgen, ilmuwan yang mendeteksi sinar X dan memenangkan nobel fisika tahun 1901.
Darmstadtium dibuat oleh Peter Armbruster and Gottfried Munzenberg dengan nama awal ununnilium. Nama Darmstadtium diambil sebab pembuatan dilakukan di fasilitas GSI Helmholtz Centre for Heavy Ion Research di Jerman yang terletak di dekat kota Darmstadt.
Setelah penamaan Darmstadtium, Roentgenium dan Copernicium, ilmuwan kini tengah bekerja untuk menamai unsur 114 dan 116 yang telah ditambahkan di Table Periodik unsur Juli lalu. Nama resminya akan muncul dalam waktu tak jauh dari sekarang. 

 Sumber : Kompas.com